Территориальное общественное самоуправление «Водники» муниципального образования «Город Вологда» было зарегистрировано в соответствии с Решением Вологодской городской Думы 28 ноября 2011 года. 3 апреля 2015 года ТОС "Водники" получил статус юридического лица и был переименован в Вологодскую городскую общественную организацию Территориальное общественное самоуправление "Водники".